La ictiofauna nativa de los sistemas límnicos de Chile se compone de 11 familias, 17 géneros y alrededor de 44 especies, incluyendo dos lampreas. De éstas, 81% son endémicas de la provincia biogeográfica chilena y 40% se encuentran clasificadas en peligro de extinción. Los grupos más representados corresponden a los órdenes Siluriformes (11 especies), Osmeriformes (9 especies) y Atheriniformes (7 especies). También están representados en Chile los ciclóstomos Petromyzontiformes (2 especies), y los teleósteos Characiformes (4 especies), Cyprinodontiformes (6 especies), Perciformes (4 especies) y Mugilifromes (1). Latitudinalmente, la mayor riqueza de especies ocurre en la zona centro-sur de la provincia Chilena, en tanto que los extremos norte y sur son de baja riqueza específica. Dado su origen, porcentaje de endemismo y retención de caracteres primitivos, este conjunto ictiofaunístico es de alto valor biogeográfico y de conservación. Existen sin embargo importantes vacíos de conocimiento sobre su sistemática, distribución y biología.